EXA 初号機

創薬(dry)アドベントカレンダー ６日目記事。

世界で初めて exaFLOPS (10¹⁸ FLOPS) の演算性能を持つ計算機になったのは、分子動力学計算機だった。

Folding@home で SARS-CoV-2 の構成タンパク質を片っ端から分子動力学計算した結果のまとめ。シミュレーション時間は延べ 0.1 秒相当に。

nature chemistry: SARS-CoV-2 simulations go exascale to predict dramatic spike opening and cryptic pockets across the proteomehttps://t.co/RKoW0URRws

— 叢雲くすり(創薬ちゃん) (@souyakuchan) 2021年5月24日

とはいえ通常のスパコンのような１台のマシンというわけではなく、

コロナ禍で世界が一致団結したのもあってか、Folding@home のピーク性能は 1.01 エクサフロップスに到達していたようだ。（富岳が 0.5 エクサフロップス程度）

— 叢雲くすり(創薬ちゃん) (@souyakuchan) 2021年5月24日

Folding@home による分散コンピューティングである。奇しくもパンデミックに立ち向かうために世界中の人々が一致団結して自宅の電力を提供した結果であり、さながらヤシマ作戦であった。

Folding@home でシミュレーションされた SARS-CoV-2 スパイクタンパク質の「口が開く」モーションの動画。圧倒のミリ秒オーダーの時間スケールとなっている。https://t.co/zNX4t0L1PT

— 叢雲くすり(創薬ちゃん) (@souyakuchan) 2021年5月25日

今はコロナ関連の計算は一段落しているが何かしらの疾患関連の計算は降って来るので、自宅の計算リソースに余力のある人は貢献してみてもいいだろう。 foldingathome.org