創薬(dry)アドベントカレンダー ４日目記事。
AlphaFold2 の推論フェーズでアミノ酸配列長に応じた GPU メモリが必要になる。RAM にスワップして実行させることもできるがとても遅くなるので、GPU メモリに載り切ってくれたほうがよいのだが、Multimer 予測などをやろうとすると限界にすぐ近付いてしまう。Google Colab 上で実行している人も常日頃 困っているところだろう。
colabfold_batch で配列長と GPU メモリ使用量の関係を軽くサンプリングしてみた。
AlphaFold2 GPU memory usage
この範囲では割と線形に近いか？
